染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質(zhì)-DNA相互作用的一項(xiàng)強(qiáng)大技術(shù)，廣泛用于多個(gè)領(lǐng)域的染色質(zhì)相關(guān)蛋白的研究（如組蛋白及其異構(gòu)體，轉(zhuǎn)錄因子等），特別適用于已知啟動(dòng)子序列或整個(gè)基因位點(diǎn)的組蛋白修飾分析研究。這項(xiàng)技術(shù)采用特定抗體來富集存在組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄調(diào)控的DNA片段，通過多種下游檢測(cè)技術(shù)（定量PCR，芯片，測(cè)序等）來檢測(cè)此富集片段的DNA序列。

ChIP技術(shù)自誕生之后，已成功的應(yīng)用于人或動(dòng)物細(xì)胞和組織 [1] 、植物組織 [2] 、酵母 [3] 以及細(xì)菌、質(zhì)粒 [4] 。由于在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和表觀遺傳研究中的突出作用，ChIP在腫瘤 [5-7] 、神經(jīng)科學(xué) [8-10] 、植物發(fā)育[11-13] 等領(lǐng)域中應(yīng)用非常廣泛，同時(shí)有關(guān)細(xì)胞凋亡 [14] 、雌激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo) [15] 、胰島素抵抗 [16] 、組織發(fā)育[1] 的文獻(xiàn)中也用到ChIP。

目前，zui常見的有以下兩種ChIP實(shí)驗(yàn)技術(shù)：

1.    nChIP：用來研究DNA及高結(jié)合力蛋白，采用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）消化染色質(zhì)，然后進(jìn)行片段富集及后續(xù)分析，適用于組蛋白及其異構(gòu)體，例如 [17-19] ；

2.    xChIP：用來研究DNA及低結(jié)合力蛋白，采用甲醛或紫外線進(jìn)行DNA和蛋白交聯(lián)，超聲波片段化染色質(zhì)，然后進(jìn)行片段富集及后續(xù)分析，適用于多數(shù)非組蛋白的蛋白，例如 [9, 15, 20] 。

X-ChIP試驗(yàn)的一般過程

以上兩種方法在分離DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物之后，對(duì)DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，驗(yàn)證目標(biāo)序列的存在。除驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)外，ChIP DNA也可以進(jìn)行測(cè)序分析，這種方法被稱為ChIP-seq [22] ；也可做芯片分析，這種方法被稱為ChIP on CHIP或ChIP-CHIP[23] 。這兩種方法都可用于分析感興趣蛋白結(jié)合的未知序列，而不需要知道目標(biāo)序列的詳細(xì)信息，因此可以進(jìn)行探索性的研究。當(dāng)需要對(duì)DNA結(jié)合的蛋白復(fù)合物（兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白共同結(jié)合在DNA上）進(jìn)行研究時(shí)，可以采用reChIP技術(shù)對(duì)DNA蛋白復(fù)合物進(jìn)行再次富集，從而分析兩種蛋白同時(shí)結(jié)合的DNA片段，例如轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子及其受體復(fù)合物 [24]。細(xì)胞

相比其他DNA與蛋白相互作用的研究工具，ChIP的突出優(yōu)勢(shì)在于通過檢測(cè)蛋白(in vivo)與DNA的物理結(jié)合，研究體內(nèi)真實(shí)情況下的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，因此得出確鑿的誘導(dǎo)或阻礙轉(zhuǎn)錄的證據(jù)，這對(duì)構(gòu)架信號(hào)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)至關(guān)重要。同時(shí)，通過此工具也可以區(qū)分轉(zhuǎn)錄調(diào)控的直接作用和非直接作用 [21] ，從而使研究者對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程有更而深刻的認(rèn)識(shí)。